Die GAR ist in zwei Hauptabteilungen unterteilt, die regulären Streitkräfte und die Spezialeinheiten. Beide Abteilungen unterscheiden sich stark in ihrem Aufbau und der Anzahl der in ihren Unterabteilungen eingesetzten Soldaten. Im Gegensatz zu den regulären Einheiten arbeiten die Spezialeinheiten wie Republic Commandos und ARCs nicht ständig unter dem direkten Oberbefehl eines Jedi, sondern operieren im Einsatz unabhängig und auf sich alleine gestellt. Reguläre Einheiten werden oftmals im Feld direkt von Jedi-Generälen oder von einem Klon-Kommandanten angeführt. Wenn ein Jedi eine Kloneinheit befehligt, wird ihm in der Regel ein Klon-Kommandant zur Seite gestellt.
Kommandostruktur der regulären Streitkräfte
Die regulären Streitkräfte bildeten das Rückgrat der GAR. Sie deckten alle militärischen Bereiche ab: Infanterie, Artillerie, Panzerverbände, Marine (Kampfjäger-Piloten, Flottenverbände), Boden- und Landungsfahrzeuge, Logistik und Transport. Oft wurden die einzelnen Einheiten auch auf ihr Einsatzgebiet spezialisiert.
* Große Armee der Republik: bestehend aus 10 System-Armeen und zusätzlichen Streitkräften (3.200.000 Soldaten), Oberbefehlshaber:Der Oberste Kanzler sowie Der Galaktische Senat. * System-Armee: bestehend aus 2 Sektoren-Armeen (294.912 Soldaten). Befehlshaber: ein hochrangiger Jedi-Meister (Ratsmitglied) * Sektoren-Armee: bestehend aus 4 Korps (147,456 Soldaten), kommandiert durch einen Senior Jedi-General (Jedi-Meister) * Korps: bestehend aus 4 Legionen/Brigaden (36,864 Soldaten), kommandiert durch einen Klon-Marschall-Kommandanten und einen Jedi-General * Legion / Brigade: bestehend aus 4 Regimentern (9216 Soldaten), geführt durch einen Senior Klon-Kommandanten und einen Jedi-General * Regiment: bestehend aus 4 einzelnen Bataillonen (2304 Soldaten), geführt durch einen Jedi Padawan-Kommandanten oder einem Klon-Commander * Bataillon: bestehend aus 4 Kompanien (576 Soldaten), kommandiert durch einen Major * Kompanie: bestehend aus 4 Zügen (144 Soldaten), kommandiert durch einen Captain * Zug: bestehend aus 4 Trupps (36 Soldaten), kommandiert durch einen Leutnant * Trupp: bestehend aus 9 Soldaten, kommandiert von einem Sergeant
Kommandostruktur der Spezial-Streitkräfte
... auch genannt Special Operations Brigade, kommandiert von Jedi-General Arligan Zey
Es existieren 2 Abteilungen, zum ersten die Clone Intelligence Units und zum zweiten die Republic Commandos.
Die CIU wird von Sondersicherheitsberater Sergeant Kal Skirata kommandiert. Sie besteht aus dem Null ARC Squad um Captain N-11 "Ordo", welches aus nur sechs Soldaten besteht, die aber hoch spezialisiert und professionell sind.
Die Republic Commandos setzen sich aus zehn "Commando-Gruppen" (500 Mann) zusammen. Das gesamte Republic Commando wirde vom Jedi Junior-General und Sprengstoffexperten Bardan Jusik kommandiert. * Eine Commando-Gruppe (500 Mann) setzt sich aus 5 Kompanien zusammen (was das Äquivalent zu einem Armee-Bataillon der Regulären Streitkräfte ist). * Eine Kompanie besteht aus 100 Mann oder 5 Trupps. * 1 Trupp besteht aus 20 Mann oder 5 Squads. * Ein Squad besteht aus 4 Republic Commandos